1966年9月15日 第一铁路工程局批准了临管处组织机构调整结果，将临时运输管理处处名改为工程运输处(简称工运处)。 1966年11月1日 ，工程运输处根据(西)宁大(通)铁路支线铺轨任务的需要，在青海西宁北站成立了工运处第一工程运输段(简称工运一段)。就在1966年“文化大革命”开始不久，“造反派”进行了夺权，处机关办事机构陷入瘫痪，生产管理混乱。 1967年4月4日 中国人民解放军对工程运输处实行军事管制。 1968年3月8日 ，工程运输处革命委员会成立(简称革委会)。革委会下设政工组、生产组、后勤组、办公室等办事机构。处属工运一段机车车辆队、车务队及养路维修队均成立了革命领导小组。1968年工运一段迁至宁夏大磴沟，承担汝箕沟铁路支线工程运输任务， 1969年2月27日 工运一段革命委员会成立。

1969年9月6日 ，根据阳(平关)安(康)铁路施工需要，工程运输处在陕西省宁强县阳平关成立了第二工程运输段革命委员会筹备小组；在勉县定军山成立采石场革命委员会筹备小组，同时将处属机车车辆队、车务队、养路维修队划归工运二段领导。同年 11月19日 工运二段、采石场、处卫生所革命委员会成立。1969年10月，镜铁山铁路支线移交兰州铁路局管理后，工程运输处奉命搬迁到阳安铁路勉县办公。1971年9月，工运一段由汝箕沟铁路支线搬到青藏线，承担克(土)哈(尔盖)段及热水铁路支线铺架及工程运输任务。工程运输处搬到阳安线后，工运处的各项工作在受局领导的同时，接受1101工程修建指挥部的领导。 1970年11月1日 阳安线通车到城固后，工运处撤销工运二段机构，分别成立机务、车务、工务、电务、车辆等5个专业段。机务、车辆段设在阳平关；工务、电务段设在勉县；车务段设在城固。

1971年1月1日 ，铁道部第一工程局由乌鲁木齐搬迁到西安后变更为交通部第一铁路工程局，工运处随之更名为交通部第一铁路工程局工程运输处。

1972年12月1日 ，根据局令，撤销了工程运输处革命委员会政工组、生产组、后勤组、办公室等机构，恢复科室机构。处重新公布了处机关及下属单位管理体制和机构定员。处机关行政机构设办公室、计划统计科、财务科、运输科、机车车辆科、工务电务科、物资管理科、人事科、行政科、生活供应科、行车安全监察室、人民武装部等12个科(室)。处下属生产单位设青海工运一段、采石场、列车驻在所、机务段、城固车务段、西乡工务段、勉县工务段、电务段、车辆段等。

1973年2月23日 ，根据梅(家坪)七(里镇)铁路支线管理任务的需要，成立工运处第二工程运输段，段部设在耀县西站。同年 7月1日 ，根据西(安)延(安)铁路新(丰镇)坡(底村)段临管任务的需要，成立第三工程运输段。段部驻蒲城县钟家村。至1973年末，工运处下设三个工程运输段、二个工务段、二个车务段、一个机务段、一个车辆段、一个电务段、一个列车驻在所等生产单位，共有职工7522人。

1973年12月31日 ，工运处在咸阳设立综合办公室，1974年成立通讯所， 1975年1月17日 ，设立咸阳房管所，1976年阳安铁路移交西安铁路局管理后，工程运输处机关于 9月1日 迁驻咸阳市办公，从此固定下来。